1995年2月，一封来自河南三门峡的举报信，褚时健的“女儿共索要和接受3630万元人民币、100万元港币、30万美元，妻子及其他亲属共收受145.5万元人民币、8万美元、3万元港币及大量贵重物品”。褚时健本人，后来被司法指控贪污和巨额财产来源不明罪。最主要的情节是，他把巨额公款直接划到自己的名下，其中一笔是174万美元，另一笔1156万美元。

　在经过长达四年多的调查以后， 最后，云南省高级人民法院的一份据说是十易其稿的、被称为“现代法律文书的典范”的长达8000字的判决书，宣布褚时健因巨额贪污和巨额财产来源不明罪被判处无期徒刑，剥夺政治权利终身。检察机关指控的一笔1156万美元贪污，“疑罪从无”，未作认定。

　1979年10月，褚时健出任玉溪卷烟厂厂长。此后的18年的时间里，褚时健带领团队将这个陷入亏损的小烟厂打造成亚洲最大的烟厂，为国家创造利税991亿元。当时，作为云南红塔集团的一把手，褚时健的工资水平仅相当于烟厂一个普通工人的工资，18年的工资收入总共不过60多万元。“富庙里的穷方丈”身陷囹圄，在当时成为一件让人瞩目的大事。讥讽者有之，叹息者有之，而为之抱不平者亦不乏其人。几年后，褚时健因为罹患糖尿病，于2002年得以保外就医。